Jak wybrać badanie WES? Porównanie badania WES w różnych laboratoriach będzie łatwiejsze z nasza listą pytań!

Badanie WES (sek­wencjonowanie ekso­mu) to skom­p­likowana anal­iza, doty­czy ona bowiem wszys­t­kich genów pac­jen­ta! Na jakość bada­nia WES wpły­wa wiele czyn­ników, z których pac­jen­ci mogą nie zdawać sprawy. W związku z tym rodz­ice mogą mieć trud­ność z oceną bada­nia, jego zakre­su oraz tego, za co tak naprawdę płacą. I czy cena jest adek­wat­na do tego, co zostało fak­ty­cznie wyko­nane… Cena i czas wyko­na­nia bada­nia nie zawsze są więc najważniejszy­mi aspek­ta­mi. Warto wiedzieć, jakie pyta­nia zadać w lab­o­ra­to­ri­um przed zaku­pem bada­nia WES, aby mieć pewność, co obe­j­mu­je anal­iza i jakie infor­ma­c­je o zdrow­iu dziec­ka zostaną sprawdzone!

Badanie WES porównanie w różnych laboratoriach — przedstawiamy listę pytań, na które warto zyskać odpowiedzieć przed zleceniem analizy!

1. Jaki jest zakres anal­izy? Badanie WES porów­nanie sprawdzanych zmi­an w genach.

2. Czy na wyniku zostaną zara­por­towane zmi­any nie związane z objawami?

3. Czy mogą zostać zara­por­towane zmi­any rzad­kie, o nieokreślonej pato­genicznoś­ci (VUS)?

4. Czy jest możli­wość otrzy­ma­nia tzw. surowych danych (plików fastQ)?

5. Czy wynik jest obję­ty kon­sul­tacją lekarza genetyka?

6. Jaki jest ter­min otrzy­ma­nia wyniku?

7. Z jakich baz danych korzys­ta diag­nos­ta wyda­ją­cy wynik?

8. Czy moż­na otrzy­mać aktu­al­iza­cję wyniku w przyszłości?

9. Badanie WES porów­nanie wyników — dlaczego mogą się różnić?

1. Jaki jest zakres analizy? Badanie WES porównanie sprawdzanych zmian w genach.

Geny człowieka są bard­zo skom­p­likowane. Stwierdze­nie, że badanie WES sprawdza wszys­tkie geny na raz to duże uproszcze­nie. Każdy gen skła­da się z różnych częś­ci — wiele z nich jest dotąd jeszcze niepoz­nanych — nie wiemy, jak dzi­ała­ją i jak wpły­wa­ją na nasze zdrowie. W związku z tym może­my sprawdz­ić określone częś­ci genów i rodza­je zmi­an, jakie w nich wys­tępu­ją. Każde lab­o­ra­to­ri­um może ten zakres określić nieco inaczej — w zależnoś­ci od dostęp­nej wiedzy czy opro­gramowa­nia bioinformatycznego. 

Pod­stawą bada­nia WES (sek­wencjonowa­nia całego ekso­mu) jest anal­iza mutacji punk­towych w eksonach — sek­wenc­jach kodu­ją­cych genów w DNA jądrowym. To najlepiej poz­nane częś­ci genów, które decy­du­ją o budowie białek. Mutac­je w eksonach powodu­ją ok. 89% znanych chorób wrod­zonych, sprawdze­nie ich daje więc spore szanse na poz­nanie diag­nozy. Nie jest to jed­nak 100% możli­wych zmi­an w genach, które mogą być ważne dla pac­jen­ta i zade­cy­dować o jego dal­szym leczeniu.

W zakre­sie bada­nia WES możli­we jest zara­por­towanie również innego rodza­ju zmi­an, które mogą być bard­zo ważne dla diag­nozy i leczenia pac­jen­ta. ❗Przed zamówie­niem bada­nia warto więc dopy­tać o to, czy badanie obe­jmie analizę:

👉 zmi­any licz­by kopii (CNV — mikrod­elec­je i mikrodu­p­likac­je). Są to zmi­any, które pole­ga­ją na ubytku małych frag­men­tów DNA — podob­ny zakres sprawdzany jest w bada­niu mikro­macierzy (aCGH). Zmi­any licz­by kopii mogą być przy­czyną różnorod­nych zaburzeń, w tym intelek­tu­al­nych i neu­ro­log­icznych — warto więc mieć pewność, że zostały one sprawdzone.

👉 zmi­any w DNA mito­chon­dri­al­nym. Nasze DNA zna­j­du­je się w każdej komórce naszego orga­niz­mu. Każ­da komór­ka skła­da się z różnych częś­ci, w tym z jądra. W jądrze komór­ki jest umiejs­cowione nasze główne DNA — jest ono bard­zo długie i decy­du­je o więk­szoś­ci aspek­tów zdrowot­nych. Okazu­je się jed­nak, że ist­nieje również dru­gi rodzaj DNA, które mieś­ci się w mito­chon­dri­ach — częś­ci­ach komór­ki odpowiedzial­nych za mag­a­zynowanie energii. Sprawdze­nie DNA mito­chon­dri­al­nego może być istotne w przy­pad­ku pode­jrzenia choro­by mito­chon­dri­al­nej, zaburzeń pra­cy układu mięśniowego czy ner­wowego (w tym padaczek).

👉 zmi­any w intronach. Introny to częś­ci genów dużo więk­sze od eksonów, równocześnie są słabo poz­nane. Duża część naszego DNA ukry­tego w intronach wciąż stanowi niewiadomą. Z każdym rok­iem jed­nak wiedza o funkcji intronów posz­erza się.

Naukow­cy potrafią już określić sposób dzi­ała­nia ok. 17 000 intronów i ustal­ić, że mogą prowadz­ić one do roz­wo­ju choro­by wrod­zonej u pac­jen­ta. Wykrycie takiej zmi­any może zaważyć na diag­nozie. Znane nauce niepraw­idłowoś­ci w intronach odpowiada­ją za rozwój ok. 11% chorób wrodzonych.

Doty­chczas sprawdze­nie zmi­an głęboko intronowych było możli­we jedynie w bada­niu WGS (które nie ma wartoś­ci diag­nos­ty­cznej i nigdy nie powin­no być wykony­wane jako badanie pier­wszego wyboru w celu poz­na­nia przy­czyny objawów pacjenta).

Obec­nie najnowocześniejsze i najwyższej jakoś­ci bada­nia WES (np. badanie WES PREMIUM) są w stanie zanal­i­zować również ten rodzaj zmi­an w genach pac­jen­ta!

❗ Wybier­a­jąc badanie WES, które zaw­iera również anal­izę intronów, moż­na mieć pewność, że jest to najsz­er­sza możli­wa do wyko­na­nia anal­iza.

2. Czy na wyniku zostaną zaraportowane zmiany niezwiązane z objawami?

Badanie WES jest ukierunk­owane na poz­nanie przy­czyny objawów pac­jen­ta — bard­zo szczegółowo są więc sprawdzane geny mogące te objawy powodować. Badanie WES poz­na­je budowę wszys­t­kich genów pac­jen­ta. Z tego wzglę­du daje również możli­wość sprawdzenia, czy nie kryją się w nich niebez­pieczne zmi­any, które na ten moment nie wpły­wa­ją na zdrowie, ale mogą spowodować rozwój choro­by w przyszłoś­ci (np. dopiero w życiu dorosłym). Tego typu zmi­any to tzn. Incidental/Secondary Findings.

Niek­tóre lab­o­ra­to­ria dają pac­jen­towi wybór — czy chce zostać poin­for­mowany, jeżeli tego typu zmi­any zostaną wykryte. Nie każdy pac­jent chce posi­adać taką wiedzę. To że dana mutac­ja wys­tępu­je, nie daje 100% pewnoś­ci, że choro­ba na pewno się uak­ty­wni. Cza­sa­mi więc taka infor­ma­c­ja może wprowadz­ić niepotrzeb­ny stres — szczegól­nie w sytu­acji, jeżeli ist­nieje ryzyko choro­by, której nie moż­na zapo­biec lub leczyć. Jeśli jed­nak dzi­ałanie pro­fi­lak­ty­czne jest możli­we — taka infor­ma­c­ja może ura­tować zdrowie, a nawet życie pacjenta. 

Niek­tóre lab­o­ra­to­ria pro­ponu­ją zara­por­towanie anal­izy 59 genów rekomen­dowanych przez ACMG. Są to geny, które mogą wywołać konkretne choro­by wrod­zone, dla których jest już opra­cow­ane dzi­ałanie pro­fi­lak­ty­czne lub lecze­nie.

3. Czy mogą zostać zaraportowane zmiany rzadkie, o nieokreślonej patogeniczności (VUS)?

Zmi­any w genach moż­na podzielić ze wzglę­du na ich stopień niebez­pieczeńst­wa. Inny­mi słowa­mi — moż­na określić, jak duże ryzyko roz­wo­ju choro­by dana mutac­ja może za sobą nieść. Najbardziej niebez­pieczne są mutac­je, które zostały oznac­zone jako “pato­geniczne i praw­dopodob­nie pato­geniczne”. Oznacza to, że są one najczęst­sze wśród chorych na dana chorobę. Takie zmi­any powin­ny zostać zawsze zara­por­towane na wyniku bada­nia WES.

Zmi­any VUS (vari­ant of uncer­tain sig­nif­i­cance) to zmi­any w genach o niepewnym znacze­niu. Zazwyczaj są to zmi­any rzad­kie. Oznacza to, że w dostęp­nych bazach danych i lit­er­aturze medy­cznej nie opisano ich jako jed­noz­nacznie pato­genicznych – prowadzą­cych do roz­wo­ju choro­by. Jeżeli jed­nak u pac­jen­ta wys­tępu­ją już objawy danej choro­by, a zmi­ana VUS zostanie wykry­ta w genie sko­relowanym z dany­mi objawa­mi – trze­ba się zas­tanow­ić, czy w tym konkret­nym przy­pad­ku nie jest ona przy­czyną prob­lemów. Diag­nos­ta przeanal­izu­je taką zmi­anę i zade­cy­du­je, czy należy ją zara­por­tować na wyniku. 

❗ W niek­tórych lab­o­ra­to­ri­ach przyj­mu­je się stan­dard, że zmi­any VUS nie są rapor­towane, a wynik ogranicza się jedynie do zmi­an pato­genicznych. To może znacznie zawęz­ić możli­woś­ci postaw­ienia diag­nozy, dlat­ego zawsze należy dopy­tać o to, czy tego typu zmi­any będą również brane pod uwagę!

Zmi­any VUS są sprawdzane i rapor­towane jedynie w genach związanych z objawa­mi wys­tępu­ją­cy­mi u pac­jen­ta. Nie ma sen­su sprawdza­nia tego typu zmi­an w pozostałych genach, ponieważ każdy z nas ma set­ki (jeśli nie tysiące) mutacji, które są zazwyczaj łagodne. Zara­por­towanie ich na wyniku nie wnosi nic, jeżeli pac­jent jest zdrowy – może jedynie spowodować niepokój i stres.

4. Czy jest możliwość otrzymania tzw. surowych danych (plików fastQ)?

Surowe dany z anal­izy WES to bard­zo duży plik, w którym zna­j­du­ją się infor­ma­c­je o budowie wszys­t­kich genów pac­jen­ta. Są one przy­datne jedynie w momen­cie, kiedy ma się dostęp do anal­izy bioin­for­maty­cznej i stosownego opro­gramowa­nia. Lekarz gene­tyk, a tym bardziej pac­jent, nie jest w stanie zin­ter­pre­tować surowych danych samodzielnie. 

Moż­na jed­nak pozyskać takie dane i zachować je na przyszłość. Dzię­ki temu za kil­ka lat będzie moż­na zak­tu­al­i­zować wynik np. w innym lab­o­ra­to­ri­um albo przy pomo­cy firmy bioin­for­maty­cznej i pom­inąć etap pobra­nia prób­ki i sekwencjonowania.

❗ Lab­o­ra­to­ri­um wykonu­jące badanie WES powin­no dać pac­jen­towi możli­wość pozyska­nia surowych danych — cza­sa­mi jest za to nal­iczana dodatkowa opłata.

5. Czy wynik jest objęty konsultacją lekarza genetyka?

Sam wynik bada­nia WES to jeszcze nie diag­noza danej choro­by! Diag­nozę choro­by wrod­zonej może postaw­ić dopiero spec­jal­ista gene­tyk — porównu­jąc wynik bada­nia WES z objawa­mi pac­jen­ta. Rodz­ic nie powinien na taką kon­sul­tację dłu­go czekać i samodziel­nie próbować zin­ter­pre­tować wyniku (np. kieru­jąc się infor­ma­c­ja­mi z inter­ne­tu czy od innych rodz­iców). Może to przys­porzyć wiele stre­su, moż­na też wyciągnąć bard­zo błędne wnioski.

Dlat­ego też dobre lab­o­ra­to­ria gene­ty­czne w ramach bada­nia WES orga­nizu­ją po wyda­niu wyniku kon­sul­tację ze spec­jal­istą gene­tykiem. Dopiero po odby­ciu takiej kon­sul­tacji wynik bada­nia WES nabiera wartoś­ci diagnostycznej.

6. Jaki jest termin otrzymania wyniku?

Badanie WES jest badaniem medy­cznym. Jak to w medy­cynie bywa — są pewne czyn­ni­ki, które spraw­ia­ją, że określe­nie ter­minu zakończenia bada­nia co do dnia nie zawsze jest możli­we. U jed­nego pac­jen­ta anal­iza będzie łatwiejsza - wykryte mutac­je będą jed­noz­nacznie wskazy­wały na przy­czynę objawów. U innego ist­nieje możli­wość, że inter­pre­tac­ja uzyskanych danych będzie wyma­gała sięg­nię­cia do lit­er­atu­ry naukowej, kon­sul­tacji z inny­mi spec­jal­is­ta­mi ze świa­ta czy spec­jal­is­ta­mi genetykami.

Więk­szość lab­o­ra­toriów pro­ponu­je dość odległy ter­min wyda­nia wyniku — ok. 6 miesię­cy. Są już jed­nak lab­o­ra­to­ria, które są w stanie dotrzy­mać ter­minu 3 miesię­cy, inne — nawet 6 tygod­ni (w przy­pad­ku bada­nia WES PREMIUM). Warto o to dopy­tać przed rozpoczę­ciem anal­izy. Należy jed­nak pamię­tać, że są to ter­miny orientacyjne.

7. Z jakich baz danych korzysta diagnosta wydający wynik?

Bazy danych odgry­wa­ją bard­zo istot­ną rolę w pro­ce­sie tworzenia wyniku bada­nia WES. W bazach danych są ujęte infor­ma­c­je o tym, czy dana mutac­ja może powodować wskazane przez pac­jen­ta objawy. Zebrane są dane statysty­czne pac­jen­tów z całego świa­ta. Dzię­ki temu moż­na ocenić stopień ryzy­ka, jaki mutac­ja stanowi dla zdrowia pac­jen­ta. Ponieważ cią­gle dokony­wane są nowe odkrycia, bazy danych są cały czas aktualizowane.

Najważniejsze bazy danych to Clin­Var, OMIM, a także e dbSNP i gno­mAD. Ponieważ bazy te są stale aktu­al­i­zowane, lab­o­ra­to­ri­um powin­no korzys­tać z ich jak najnowszych wersji.

Dobrą prak­tyką jest również korzys­tanie z bazy włas­nej lab­o­ra­to­ri­um, stwor­zonej na pod­staw­ie wyko­nanych do tej pory badań. Im więcej wyko­nanych badań, tym więk­sze możli­woś­ci inter­pre­tacji wyniku.

8. Czy można otrzymać aktualizację wyniku w przyszłości?

Badanie WES ma ogrom­ną przewagę nad inny­mi bada­ni­a­mi gene­ty­czny­mi — głównie z tego wzglę­du, że pier­wszy etap anal­izy obe­j­mu­je sek­wencjonowanie — czyli poz­nanie budowy wszys­t­kich genów. Ten etap wystar­czy wykon­ać raz — budowa genów jest niezmi­en­na. Jed­nak koń­cowy wynik bada­nia WES może się różnić  w cza­sie — inaczej może wyglą­dać dzisi­aj, inaczej za kil­ka lat. Jak to możli­we? 👉 Zmi­any w genach, które są ujęte na wyniku bada­nia, są zmi­ana­mi, o których dzisi­aj wiado­mo, że mogę stanow­ić przy­czynę prob­lemów pac­jen­ta. Takiego wyboru dokonu­je diag­nos­ta — głównie na pod­staw­ie między­nar­o­dowych baz danych. Bazy te są stale aktu­al­i­zowane — z cza­sem dokony­wane są nowe odkrycia, a naukow­cy z całego świa­ta doda­ją nowe infor­ma­c­je. Możli­we, że za jak­iś czas zostanie odkry­ta nowa zmi­ana w genie, która będzie waż­na dla zdrowia pacjenta.

Aby uzyskanie takiej aktu­al­iza­cji wyniku było możli­we, należy wyraz­ić zgodę na prze­chowywanie mate­ri­ału DNA.

Pac­jent może uzyskać aktu­al­iza­cję wyniku:

👉 na włas­ną prośbę (np. raz na rok — raz na dwa lata) — wysyła­jąc taką infor­ma­cję do lab­o­ra­to­ri­um. Aktu­al­iza­c­ja wyniku może być dodatkowo płatna.

👉 automaty­cznie — niek­tóre lab­o­ra­to­ria w cenie bada­nia zobow­iązu­ją się do mailowej aktu­al­iza­cji wyniku w sytu­acji, kiedy zostaną odkryte nowe zmi­any, które mogą mieć wpływ na dal­szą diag­nos­tykę lub lecze­nie pacjenta.

Warto zapy­tać o for­mę takiej aktu­al­iza­cji wyniku.

9. Badanie WES porównanie wyników — dlaczego mogą się różnić?

Nie ma jed­nego stan­dar­du, jak powinien wyglą­dać wynik bada­nia WES — każde lab­o­ra­to­ri­um może do tej kwestii pode­jść nieco inaczej. Pod­czas pier­wszego eta­pu bada­nia (sek­wencjonowa­nia) poz­na­je­my budowę wszys­t­kich genów pac­jen­ta. Nie jest to jed­nak wystar­cza­jące — ten etap dostar­cza bowiem mil­ionów infor­ma­cji. Więk­szość z nich nie jest istot­na dla lekarza prowadzącego — każdy z nas ma bowiem dziesiąt­ki tysię­cy mutacji w genach, które są łagodne i nie wpły­wa­ją na nasz stan zdrowia. Dlat­ego nad wynikiem bada­nia WES pracu­je zespół bioin­for­matyków i diag­nos­tów. Odsiewa­ją oni infor­ma­c­je, które nie są istotne od tych, które mają fak­ty­czny wpływ na zdrowie i mogą powodować objawy pac­jen­ta. Jest to bard­zo skom­p­likowany pro­ces wyma­ga­ją­cy wiedzy i dostępu do świa­towych baz danych oraz lit­er­atu­ry fachowej. Częs­to w opra­cow­anie wyniku włączany jest również lekarz gene­tyk. Wynik bada­nia WES powinien w sposób jas­ny wskazy­wać na mutac­je, które z dużym praw­dopodobieńst­wem są przy­czyną prob­lemów zdrowot­nych pac­jen­ta. Tylko taki wynik ma wartość dla lekarza prowadzącego, który na tej pod­staw­ie może w wielu przy­pad­kach wdrożyć leczenie.

Zobacz też:

Epilep­s­ja u dzieci – przy­czyny epilep­sji warto poszukać w genach

Padacz­ka u dzieci, lecze­nie może być zależne od… genów!